根据上海市机构编制委员会《关于同意组建上海市水务行政执法总队等单位的通知》(沪编[2005]173号)和《关于调整上海市苏州河环境综合整治领导小组办公室机构编制的批复》(沪编[2005]4号)，设置上海市水利管理处，增挂上海市苏州河环境综合整治领导小组办公室牌子，实行"两块牌子、一个机构"。上海市水利管理处(上海市苏州河环境综合整治领导小组办公室)是上海市水务局所属的具体负责本市水利行业管理(水文、滩涂、海塘除外，下同)的事业单位。
    一、主要职责:
    1、参与编制本市水利行业中长期发展规划和年度计划，并监督实施;
    2、负责拟订本市河道、堤防(防汛墙)、泵闸和农田水利设施技木质量标准、规程。规范并监督实施，并对市管河道实施管理;
    3、组织、指导、检查、监督苏州河环境综合整治工作，起草制订苏州河整治工作年度计划，经批准后监督实施，负责市苏州河环境综合整治领导小组日常工作;
    4、负责组织和指导本市农田水利基本建设、水土保持、农村节约用水等工作;
    5、负责拟订本市水闸，泵站防汛排涝、水资源调度方案并监督实施，指导各区(县)综合调水工作;
    6、负责组织开展本市水利行业精神文明建设和行风建设工作;
    7、组织和指导本市水利工程设施安全鉴定工作;
    8、负责协调处置水利行业突发性事件;
    9、负责监管本市水利工程设施运行养护市场;
    10、负责组织本市水利行业特有工种从业人员的业务培训及相关考核工作;
    11、负责水利行业有关统计工作;
    12、负责监督市郊结合部排涝泵站的运行管理;
    13、负责编报年度部门预算，经批准后组织实施;
    14、参与起草、修订本市水利行业管理的地方性法规、政府规章和规范性文件;
    15、协同有关部门做好吸血虫病防治工作;
    16、协同有关部门做好水利建设项目的管理工作;
    17、协同有关行政审批部门，开展相关许可项目的查勘、论证工作并提出意见;
    18、配合行政执法部门查处擅自填堵河道、堤防开缺、设置排水(污)口等工作;
    19、承办市水务局、市苏州河环境综合整治领导小组交办的其他事项。
    二、内设机构
    按照上述职责，上海市水利管理处(上海市苏州河环境综合整治领导小组办公室)设7个职能科(室)即：
    I、办公室(财务科)
    2、河道科
    3、水闸科(信息技术科)
    4、农水科
    5、规划计划科
    6、苏州河综合管理科
    7、政工科(组织人事科)
    三、人员编制和领导职数
    上海市水利管理处人员编制定为 75名，其中正副科级领导职数为15名。